Khu di tích nằm giữa hai dãy núi Phượng Hoàng - Kỳ Lân. Khu di tích, danh thắng này gồm có núi non, chùa, tháp, rừng thông, khe suối và các di tích nổi tiếng gắn liền với cuộc đời của nhiều danh nhân trong lịch sử. Ngay từ thời Trần, chùa Côn Sơn là một trong ba trung tâm của thiền phái Trúc Lâm (Côn Sơn - Yên Tử - Quỳnh Lâm). Mảnh đất này đã gắn bó với tên tuổi và sự nghiệp của nhiều danh nhân đất Việt như Trần Nguyên Ðán, Huyền Quang và đặc biệt là anh hùng dân tộc - danh nhân văn hoá thế giới Nguyễn Trãi. Côn Sơn đã được Chủ tịch Hồ Chí Minh đến thăm và đọc bia về Nguyễn Trãi.

Ngày nay, Côn Sơn còn lưu giữ được những dấu tích văn hoá thời Trần và các giai đoạn lịch sử kế tiếp. Tiêu biểu là:

Chùa Côn Sơn

Chùa có tên chữ là Thiên Tư Phúc tự, hay còn gọi là chùa Hun, toạ lạc ở ngay dưới chân núi Côn Sơn, có từ trước thời Trần. Vào đời Lê, chùa được trùng tu và mở rộng rất nguy nga đồ sộ. Trải qua biến thiên về lịch sử và thời gian, chùa Côn Sơn ngày nay chỉ còn là một ngôi chùa nhỏ ẩn mình dưới tán lá xanh của các cây cổ thụ. Chùa được kiến trúc theo kiểu chữ công gồm Tiền đường, Thiêu hương, Thượng điện. Thượng điện thờ Phật, có những tượng Phật từ thời Lê cao 3m. Phía sau chùa là nhà Tổ, có tượng Trúc Lâm tam tổ (Trần Nhân Tông - Pháp Loa - Huyền Quang), tượng ông bà Trần Nguyên Ðán, hai pho tượng Nguyễn Trãi và Nguyễn Thị Lộ.

Sân chùa có cây đại 600 tuổi, 4 nhà bia, đặc biệt là bia "Thanh Hư động" tạo từ thời Long Khánh (1373 - 1377) với nét chữ của vua Trần Duệ Tông và bia hình lục lăng, "Côn Sơn thiện tư bi phúc tự" đã được Chủ tịch Hồ Chí Minh đọc khi Người về thăm di tích này(15/2/1965).

Giếng Ngọc

Giếng nằm ở sườn núi Kỳ Lân, bên phải là lối lên Bàn Cờ Tiên, phía dưới chân Ðăng Minh Bảo Tháp. Tương truyền đây là giếng nước do Thiền sư Huyền Quang được thần linh báo mộng ban cho chùa nguồn nước quí. Nước giếng trong vắt, xanh mát quanh năm, uống vào thấy khoan khoái dễ chịu. Từ đó có tên là Giếng Ngọc và nước ở giếng được các sư dùng làm nước cúng lễ của chùa.

Bàn Cờ Tiên

Từ chùa Côn Sơn leo khoảng 600 bậc đá là đến đỉnh núi Côn Sơn (cao 200m). Ðỉnh Côn Sơn là một khu đất bằng phẳng, tại đây có một phiến đá khá rộng, tục gọi là Bàn Cờ Tiên. Hiện nay Bàn Cờ Tiên có dựng nhà bia theo kiểu Vọng Lâu đình, hai tầng cổ các tám mái. Ðứng từ đây, du khách có thể nhìn bao quát cả một vùng rộng lớn.

Thạch Bàn

Bên suối Côn Sơn có một phiến đá gọi là Thạch Bàn, nơi Chủ tịch Hồ Chí Minh dừng chân nghỉ khi Người tới thăm di tích này. Từ chân núi đi theo lối mòn có kê đá xuống phía chân núi có một tảng đá lớn, mặt phẳng và nhẵn nằm kề ven suối gọi là Thạch Bàn lớn. Tương truyền khi xưa Nguyễn Trãi lấy làm "chiếu thảm" nghỉ ngơi, ngắm cảnh, làm thơ và suy tư việc nước.